咸水鸭有臭味主要是腌制过程中细菌分解蛋白质产生的硫化物和氨气造成的。鸭肉里的蛋白质在盐分作用下变性，为细菌提供了繁殖温床。

在腌制初期，高盐环境（通常含盐量8%-12%）能抑制多数细菌，但像乳酸菌、腐败菌这类耐盐微生物开始悄悄活动。当盐浓度降到4%以下时（约腌制7-10天），这些微生物大量繁殖，把蛋白质分解成含硫化合物（比如硫化氢）和氨气。数据显示，未成熟的咸水鸭菌落总数可达10^6 CFU/g以上，相当于每克肉里有百万个微生物在“大吃大喝”。硫化氢的臭味阈值为0.005ppm，而咸水鸭释放的浓度常超过这个值。鸭皮表面附着的厌氧菌在缺氧环境下会加速分解脂肪，产生更多挥发性臭味物质。阶段晒干时，残留的微生物代谢产物会进一步挥发到空气中。