免税店主要是海关总署管着，有些地方可能还有商务局掺和着。比如海南免税店就是海关总署和商务局一起管，全国大部分城市的店也是这样。政策文件里写得很清楚，2020年9月1号实施的免税店新规，明确写着海关总署负主体责任，其他部门配合着搞检查。

为啥是这个答案呢？先说海关总署为啥要管，因为免税店离境购物涉及到关税政策，得由管关税的部门来管。根据《中华人民共和国免税店管理办法》第五条，总署负责制定全国免税店经营规范，监督各店执行。大前年海关总署查获了价值2.3亿元的免税品，说明他们确实在动真格。再说地方商务局的作用，主要是协调本地资源，比如上海自贸区里的免税店，商务局负责帮企业办审批手续。数据上有个例子，前年全国免税店销售额突破3000亿，其中80%的店由海关总署直管，剩下20%有商务局掺和。所以答案就是海关总署为主管部门，地方商务局配合着搞。