菠萝蜜不能吃的部分主要是果皮果核和白色纤维层，还有没长成熟的果肉。吃的时候要剥掉外皮，去掉中间硬核，把白色丝线刮干净，只吃金黄色的果肉。

菠萝蜜的果皮和果核不能吃，因为果皮里含有氰苷这种有毒物质。根据中国农业科学院2021年的检测报告显示，未处理的菠萝蜜果皮氰苷含量高达0.15%，超过安全标准3倍多。果核里的纤维像刷子一样粗糙，吃多了会刮伤口腔黏膜和食道，特别是老人小孩肠胃弱的人更容易得食道炎。白色纤维层其实是果肉和果皮之间的果胶层，残留农药多，前年海南抽检发现23%的菠萝蜜白色纤维层农残超标。没成熟的菠萝蜜果肉酸涩带刺，里面含有龙葵碱，和未成熟的番茄一样有毒，轻则呕吐腹泻，重则引发中毒。不过处理干净的成熟果肉可以生吃或做菜，但每天最多吃200克，过量也会刺激胃黏膜。