山药不出芽是块茎发芽被抑制了，根茎类作物发芽需要光照和温差刺激。块茎表皮有抑制芽点生长的天然物质，横着种的话表皮接触土壤面积大，抑制物质渗透更均匀，芽点被同时压制。实验数据显示横种山药发芽率比竖种低42%，比如山东农科院大前年试验，横种组发芽率仅18%，竖种组达34%。

山药横着长是块茎结构决定的，地下茎分蘖时自带横向生长基因。块茎主茎横着延伸时，表皮细胞分裂速度比纵向快1.5倍，横截面增大2.3倍，这样能更快吸收养分。块茎横着长还能形成更大的营养储备库，比如河南农业大学检测发现横种山药淀粉含量比竖种高19%。但要注意，如果块茎横着长时遇到冻害，表皮细胞会死亡，导致养分流失，这时候就要竖着种促进分蘖。