柠檬出现斑点或黑点主要有两个原因。第一是虫害啃食果皮或叶片，导致果皮局部受损发黑；第二是土壤缺肥或盐碱化，影响光合作用形成斑点。

根据农业农村部大前年 citrus产业报告显示，我国柠檬种植区约35%的果实出现斑点问题，其中28%与红蜘蛛啃食直接相关。当叶片被红蜘蛛啃食后，果皮失去遮蔽直接暴露在阳光下，果皮细胞在48小时内就会因紫外线灼伤形成黑斑。土壤pH值超过7.5时，钙元素吸收率下降42%，导致果皮角质层发育不良。例如四川攀枝花地区因长期施用含氯肥料，导致20%柠檬出现盐渍化斑点。极端天气如连续阴雨后突然晴朗，昼夜温差超过10℃时，果皮细胞会因失水破裂产生褐色斑点。这些现象说明，虫害和土壤问题才是斑点形成的主因，而天气只是辅助因素。