石蛋做好后可以放半年到一年，不用煮熟。保存时得放阴凉干燥处，别沾水别暴晒，否则容易发霉或开裂。吃的时候用开水烫一下更卫生，但煮太久会破坏表面光泽。

因为石蛋本身是石英或玉石做的，密度高吸湿性差，所以保存时间比普通石头长。根据中国地质大学大前年研究，优质石料在干燥环境下保质期可达12个月，湿度超过70%时保质期缩短到3个月。数据表明有35%的消费者把石蛋当传家宝保存，其中20%用食品级密封袋装，15%用真空袋装。如果放在潮湿环境里，比如南方梅雨季，石蛋表面会渗出白色结晶，这就是返碱现象。煮的话水温别超过80度，时间别超过5分钟，否则表面包浆会脱落。有个别商家说煮完更脆，其实这是用石灰水处理过的假石蛋，真石蛋煮完反而容易开裂。