《黄帝内经灵枢》分上下两卷共81篇，目录按养生、经络、脏腑等主题编排。上卷讲人体生理病理，下卷讲针灸治疗和养生方法，每篇用数字编号。

因为传统版本分上下两卷共81篇，但明清时期有的版本分成八卷，每卷81篇，总81篇。比如《黄帝内经素问》和《灵枢》合刻本，把81篇分成八卷，每卷10篇或11篇。现代通行本恢复上下两卷结构，但部分古籍馆还保留八卷分法。数据来源：《中华医典》记载灵枢篇目总数81篇，卷数存在两种分法。比如"卷一至卷四讲经络，卷五至卷八讲针灸"这种分法，和"上卷讲理论，下卷讲实践"的结构，都是合理的解释。古籍流传过程中，不同朝代刻本卷数有变化，比如宋刻本分八卷，明清刻本恢复两卷，所以现在看到的不同版本都是历史演变的结果。