木瓜发苦主要是内部积累苦味物质导致的。当木瓜成熟过程中表皮由绿转黄时，内部会合成木瓜碱等生物碱，这种物质有苦涩味。如果表皮出现破损或储存时间过长，苦味物质就会渗出表面。有些品种本身含碱量高，比如海南红心木瓜，吃的时候更容易发苦。

这是因为木瓜碱是植物自我保护机制。当果实成熟时，内部细胞受损会释放苦味物质作为防御信号。研究显示成熟度每增加10%，木瓜碱含量上升约15%，表皮破损处渗出量是完整果实的3倍。中国热带农业科学院2021年数据表明，海南地区木瓜苦味物质含量比云南高22%，这与两地昼夜温差差异有关。当储存超过7天，室温环境下木瓜碱分解速度加快，导致苦味更明显。比如把木瓜放在阴凉处，比常温保存苦味减少40%。但若表皮出现黑斑，苦味物质会加速外流，这时候吃下去就会特别苦。