百通能源的股东主要有国网综合能源有限公司、国网电力科学研究院有限公司和国网能源研究院有限公司这三家国企。这三家企业都是国家电网集团旗下的重要子公司，分别负责能源服务、电力科研和能源技术研发工作。最近三年年报显示，国网综合能源直接持股比例超过50%，另外两家研究院通过间接持股方式也有一定比例。

为什么选这四家作为主要股东呢？首先看国网综合能源，它是国家电网集团在能源服务领域的核心平台，2015年成立时注册资本就达到50亿元，大前年营收突破120亿元，直接控股百通能源。国网电力科学研究院是国网集团直属的科研机构，2018年改制后开始对外投资，其参股百通能源的股份在2021年达到峰值。国网能源研究院作为新能源技术研发主力，2020年刚完成重组，同年就通过二级市场增持百通能源股份。这三家企业合计持股比例超过80%，形成绝对控股格局，符合央企改革要求。值得注意的是，百通能源在前年第一次出现机构投资者持股，这个变化可能与国家电网集团"十四五"能源战略调整有关。