马云发行的股票主要是指他在阿里巴巴集团持有的股份。2014年9月阿里巴巴在美国纳斯达克上市时，马云作为联合创始人持有约7.8%的股份。上市后公司实施合伙人制度，马云通过合伙人提名权保持对战略决策的影响力，但持股比例逐步稀释到2020年的约5.8%。

马云最初持股比例较高是因为他是主要创始人之一。根据阿里巴巴招股书显示，上市时公司总股本约320亿美元，马云持有24.8亿股，占总股本7.8%。此后通过股权激励和合伙人提名机制，马云虽持股减少但投票权仍占50%以上。2019年阿里二次上市时，其持股降至5.8%仍居大股东地位。数据来源：阿里巴巴2014年招股书及港交所2020年年报，上市后持续稀释符合初创企业股权激励常规操作。