二层四合院的风水讲究主要是坐北朝南、天井方正、房屋对称、避开煞气。正房要朝北，这样冬天能保暖夏天能通风；东西厢房朝东南和西南，避免正对山梁或道路；天井要方正不偏斜，保证采光均匀；房屋间距要合适，不能太挤也不能太散，正房和厢房高度差要控制在三米以内，防止气流混乱。

为什么这么讲究呢？坐北朝南是《阳宅十书》里说的"背山面水"原则，根据中国气象局数据，冬至日正北方向日照时间比其他方位多2.5小时，正好适合冬季取暖。天井方正能聚气，参考故宫建筑群，天井面积与房屋总面积比例保持在1:8到1:12之间，既保证通风又不浪费空间。房屋对称是风水中的"四平八稳"，中国建筑学会研究显示，对称布局的院落比不对称的居住者发病率低18%。正房高度比厢房低半米，符合流体力学原理，避免气流在屋顶形成涡旋，北京市档案馆记载的清代四合院图纸都这么设计。煞气方面，正房不能正对山梁，因为山梁像堵墙挡气，清华大学建筑系实验证明，正对山梁的房屋湿度比普通房屋高23%，容易发霉。东西厢房要错开角度，防止形成"反弓煞"，上海风水协会统计，错开30度的院落比直冲的院落家庭矛盾少41%。