冬瓜切开后容易氧化变质，建议用保鲜膜包紧后放冰箱冷藏层。如果是带皮切块，最多放三天；去皮切丁的话能保存四天。冷冻的话要裹上油纸分装，能存一个月。

冬瓜里的酶在断开后会加速营养流失，冷藏能减缓酶活性。根据中国农科院数据，冬瓜含水量达96%，酶促反应温度在4℃时仍能进行，但速度降低到常温的1/10。冷冻时细胞液结冰，酶活性彻底停止，所以保存时间延长十倍。保鲜膜隔绝氧气能延缓氧化，但时间有限，超过三天表面会发黄出水。冷冻前裹油纸能防止粘连，解冻时不会像直接冷冻那样软烂。