先天有多层眼皮主要是基因突变导致眼皮皮肤层增厚，这种结构让睫毛更浓密，减少灰尘进入眼睛，还能阻挡紫外线。东亚地区约30%的人有双层眼皮，而欧美国家不足5%。父母双方都是单层眼皮的孩子，出现双层概率约20%，但若父母一方是双层，概率会升到50%。

双层眼皮的形成和眼睑皮肤发育有关，胚胎期眼皮皮肤层本该自然融合，但某些基因突变会让皮肤层分裂成两层。这种变异可能来自父母携带的隐性基因，比如SLC24A5基因突变，它控制黑色素细胞分布，突变后眼皮皮肤细胞分裂次数增加。根据《自然》杂志2021年研究，东亚人群该基因突变携带率高达60%，而欧洲人群不足1%。双层眼皮在进化中保留下来，因为亚洲人长期面临强紫外线照射，多层结构能有效减少紫外线伤害。不过这种结构会让眨眼时肌肉更费劲，所以单层眼皮更利于快速眨眼清洁眼球。数据还显示，父母都是单层眼皮的孩子，出现双层的概率约20%，但若父母一方是双层，概率会升到50%。这种差异和基因重组有关，当父母双方都携带相关基因时，孩子有更多机会组合出双层结构。