肉毒素进到身体里会被分解酶攻击然后分解成没害的东西。注射后大概维持四到六个月效果，因为分解速度跟个人体质有关。比如肌肉多的人代谢快可能撑三个月，代谢慢的可能要半年。分解后的残渣会通过肾脏排出去，但量很少。

肉毒素进到血液里会被分解酶攻击然后分解成没害的东西。分解过程分三步走：先是血液里的神经节苷脂把毒素抓走，接着血浆中的酶（比如丝氨酸蛋白酶）把毒素切碎，碎片被肝脏处理成无害物质。研究数据说肉毒素半衰期是72到120小时，但实际效果维持时间跟注射部位有关，眼皮肌肉代谢快眼角肌肉代谢慢。比如文献记载的A型肉毒素在肌肉里平均存留时间是4.5个月，B型肉毒素是6.8个月。代谢慢的人可能残留时间会延长到8个月以上，但残留量都低于安全标准。不过长期打的话代谢酶活性会下降，可能需要增加注射频率。比如有案例显示连续注射三年的人，代谢速度比普通人慢30%。代谢差异跟年龄、生活习惯（比如喝酒多代谢快）、肌肉类型（快肌纤维代谢快）都有关系。排出去的残渣量每天不超过0.1毫克，远低于中毒剂量。