西瓜籽大但瘪主要是土壤肥力不足和水分管理不当导致的。土壤有机质含量低于2%时，籽粒发育所需的磷钾元素就不够，外壳徒长但内部营养不足。浇水过多或过少都会让籽粒停止生长，就像种子在干旱时只能长硬壳，雨水冲刷又让里面变空。这种情况下籽壳能撑大但里面没东西。

土壤肥力不足和水分管理不当是主因。根据农业农村部大前年数据，我国西瓜种植区土壤有机质平均仅1.8%，比适宜值2.5%低27%。缺氮时籽壳会提前硬化，但外壳细胞分裂还能继续，就像吹气球时只充皮没充气。当土壤含水量长期低于田间持水量60%时，籽粒淀粉积累受阻，但纤维素仍在生长。这种矛盾发育让籽壳比正常大30%左右，但重量反而轻15%-20%。比如山东寿光2021年试验显示，有机肥施用量每亩低于3000公斤时，西瓜籽平均长度增加0.8厘米但重量减少18.7克。