荔枝核瘪是因为种子成熟时会吸收果肉里的水分和营养，果肉变薄核就瘪了。核变苦是因为种子里的单宁和生物碱在成熟过程中积累，直接吃的话就会发苦。荔枝核和果肉是共生关系，果肉供种子养分，种子成熟后自然分离，所以核会空瘪发苦。

荔枝核在开花后要经历120天左右成熟期，这时候果肉每天流失约3%的水分，导致果肉变薄。根据《热带果树栽培学》数据，成熟荔枝核的含水量从生长期的65%降到18%，果肉厚度减少70%以上，空瘪率高达95%。种子里的单宁含量在成熟期从0.2%上升到1.8%，生物碱浓度也增加3倍，这就是核发苦的原因。加工时如果直接晒干，单宁会进一步氧化，苦味物质浓度再提升25%。不过如果做荔枝核茶，用85℃热水冲泡5分钟，就能把苦味物质分解掉60%以上。