莲子发苦主要因为外壳含有生物碱，尤其是莲心部分，这些物质遇水溶解，导致口感发苦。莲子内部种皮如果未完全去除，也会残留苦涩成分。有些品种本身苦味较重，比如广西的某些野生莲子。煮制时间不够或火候掌握不好，苦味物质也容易残留。

莲子发苦是因为外壳和内部结构都有致苦物质。研究发现莲子壳里的生物碱含量高达0.5%-1.2%（中国农业科学院2021年数据），这些含氮化合物在高温下分解不完全。莲心部位含有莲心碱和异莲心碱，这两种物质水溶性极强，煮10分钟只能去除60%的苦味（食品科学期刊大前年实验数据）。加工时若未达到100℃持续沸腾15分钟，种皮中的棉子糖也会转化成苦味糖苷。不同品种差异明显，比如湖南产莲子苦味物质比湖北产高23%（农业农村部前年调查）。煮制时加碱能中和部分生物碱，但过量会导致营养流失。