燕窝做好后要马上装进密封容器，盖紧盖子放阴凉处。吃的时候用干净勺子挖出来，别用手碰表面。必须密封保存并避免阳光直射，一周内吃完最保险。

密封能隔绝氧气和灰尘，阴凉处温度湿度稳定，这样燕窝里的蛋白质和唾液酸才不会变质。数据显示，未密封的燕窝在室温下放置三天，表面就会长霉斑，湿度超过70%时霉变速度提升3倍。有实验证明，冷藏保存的燕窝保质期比常温延长5天，但每次取用后必须及时盖紧，否则冷热交替会让燕窝受潮结块。国家燕窝标准规定，开封后需在28天内吃完，超过这个时间唾液酸流失量超过15%，营养会大打折扣。