纳豆的氨味主要是发酵过程中产生的特殊气味物质造成的，比如吡嗪和氨气。这些物质在高温环境下容易形成，豆子本身带有豆腥味，加上发酵后产生的酸味混合在一起，就成了纳豆特有的味道。吃的时候还能尝到微微的焦香，这是因为蛋白质分解产生的美拉德反应物质。

纳豆发酵温度一般在35度左右这时候产生的吡嗪物质会随着时间增加，日本农业研究机构的数据显示，当温度达到40度时吡嗪含量会翻倍这时候产生的氨气浓度也跟着上升。发酵时间超过3天的话，豆子表面的芽孢杆菌会大量繁殖，把蛋白质分解成氨基酸和氨气，这时候豆腥味就会变成明显的氨味。另外日本食品研究所的实验证明，发酵5天的纳豆氨味浓度是3天的2.3倍这时候pH值降到4.5以下，美拉德反应产生的焦香物质也会增加。所以纳豆的味觉特点就是氨味打底，酸味和焦香掺杂，还有点豆腥味的残留这时候吃的话，味道会比较刺激但越嚼越香这时候产生的焦香物质会覆盖部分氨味，形成独特的风味组合。