鹦鹉鱼公母主要通过体型、颜色和生殖器部位判断。公鱼体型较小，尾巴尖细长，生殖器突出明显；母鱼体型较大，尾巴宽圆，生殖器隐藏在腹部。遇到不确定时，可以观察鱼在繁殖期是否主动追逐，公鱼会更积极。

公母差异源于繁殖需求。鹦鹉鱼在繁殖期雄性会主动寻找雌性，体型小尾巴尖便于快速游动追逐，生殖器突出方便交配；雌性体型大尾巴宽便于产卵，生殖器隐藏减少受伤风险。数据显示，70%的鹦鹉鱼在繁殖季公鱼会主动靠近母鱼，而母鱼发情期体色会变深，幼鱼性别在6个月大时可通过体型区分。公鱼更活跃好动，母鱼更温顺安静，这个特征在养鱼圈里被验证了超过20年。