蛋清和蛋黄分开是因为蛋黄脂肪多密度大沉底，蛋清蛋白质水溶液密度小浮在上。蛋清发黄主要是氧化反应和高温破坏蛋白质结构，蛋黄里的叶黄素也会让颜色变深。比如煮鸡蛋时水开再放进去，高温会让蛋清里的谷胱甘肽分解，产生黄褐色物质。

蛋黄里的脂肪和蛋清里的蛋白质密度不同，所以会分开。具体来说蛋黄密度约1.02g/cm³，蛋清约1.04g/cm³，但加热后密度变化更大。研究显示70℃加热1分钟，蛋清pH值从7.6降到6.8，蛋白质变性导致颜色加深。实验数据表明，蛋清在空气中暴露1小时，硫基氧化酶活性降低40%，同时接触氧气会使巯基氧化成二硫键，产生吡咯啉衍生物，这就是发黄的关键原因。比如用冷藏鸡蛋蛋清发黄时间比常温鸡蛋慢30%，因为低温能抑制酶活性。蛋黄中的叶黄素在pH4.5时吸收波长470nm的蓝光更明显，所以看起来更黄。