工程款计税就是算工程款要交多少税，通常按合同金额减去材料费再乘税率。比如合同100万，材料费30万，应税金额70万，税率9%的话，税就是6.3万。

工程款要交税是因为法律规定甲方付给乙方钱得扣税，材料费能抵税是因为买材料花了钱可以退税。比如前年建筑行业增值税税率9%，材料费占合同价30%的工程，实际交税是（100万-30万）×9%=6.3万。为什么材料费能抵税？因为买材料时企业已经交过进项税，现在再交的话就重复征税了。比如买钢筋交了13%的税，工程款里再交9%的税，国家就收了两次税，所以材料费能抵掉这部分。比如合同100万，材料费30万，应税金额70万，税6.3万，甲方实际给乙方93.7万。如果材料费少20万，税就少1.8万，乙方多拿9.2万。这就是为什么工程款要扣材料费再交税的原因。