崖柏有股奇怪味道是挥发油和加工方式导致的，特别是崖柏挥发油含量达2-3%，生长在干燥悬崖环境会积累更多桉叶素、松节油等物质。如果运输储存不当，挥发油氧化会变味，比如刚砍伐的崖柏油质重，放置三年后油质变轻味道变淡。

崖柏挥发油主要成分是桉叶素（占40-50%）、α-蒎烯（占15-20%）和香叶醇（占8-12%），这些物质在常温下会缓慢释放气味。崖柏生长在海拔800米以上悬崖，昼夜温差达15℃以上，这种环境促使挥发油结晶析出，比如四川青川的崖柏挥发油结晶颗粒比甘肃文县的细小30%。加工时若用明火烤制超过2小时，会破坏萜烯类物质，导致出现酸腐味。研究显示新砍崖柏挥发油含量是三年陈料的1.8倍，但挥发油氧化后会产生苯乙醇等异味物质，比如某批次崖柏在梅雨季存放后出现类似松香变质的气味。