绿斑马鱼公母主要看体型颜色和鳍的形状。雄鱼体型小颜色更鲜艳，背鳍和臀鳍有尖刺，尾巴中间有个小黑点；雌鱼体型大颜色暗淡，背鳍和臀鳍钝圆，尾巴黑点大。发情期雄鱼还会鼓肚。

绿斑马鱼公母差异是长期自然选择形成的。雄鱼需要频繁求偶展示体色和鳍的尖锐度，进化出更醒目的外观和攻击性结构。数据表明雄鱼体长比雌鱼短15%-20%，背鳍长度是体长的1/3，臀鳍有3-5根尖刺；雌鱼体长占尾柄的1/2，背鳍和臀鳍圆钝，尾鳍黑点直径比雄鱼大40%。发情期雄鱼腹部会鼓起储存，这是雌鱼无法做到的生理特征。这些差异在1-2岁性成熟期尤为明显，幼鱼可能不明显，但到成年后差异会完全显现。