水能透光是因为水分子结构特殊，光线穿过时大部分能量被吸收但大部分光波能直接穿透。水分子像小圆球一样整齐排列，当光线波长和分子尺寸差不多时（约3纳米），大部分光波能直接穿过而不被阻挡。反射只是光线碰到水面时被弹回的少量能量，就像水珠在阳光下会同时透光和反光。

水分子直径约3纳米，和可见光波长（400-700纳米）相比太小了，所以大部分光波能直接穿透。但光线碰到水面时，水分子振动频率刚好和可见光接近（约10^14赫兹），就会产生约4%的反射率。实验数据显示，当光线垂直入射时，水面反射率约2.5%，倾斜角度越大反射率越低。这就像水珠能同时让阳光透过去，又让部分光线像镜子一样反射回来，所以水既有透明性又有反光效果。