豆腐乳装坛子首选陶坛，玻璃罐次之瓦缸最差。陶坛透气不漏气，能保持豆腐乳独特风味。玻璃罐密封性强但容易积水，瓦缸透气但易碎。传统作坊都用陶坛装，现在超市也有专门陶坛卖。

陶坛装豆腐乳好因为在发酵期需要氧气进入促进有益菌生长，同时隔绝灰尘和杂菌污染。微生物研究显示陶坛装豆腐乳的菌落总数比玻璃罐低40%，红曲霉活性高出25%。四川湖南等地传统工艺都选陶坛装豆腐乳，存三年仍有酸香。虽然陶坛成本高，但经年使用能反复装，平均每年成本不到3块钱。不过陶坛要定期刷盐泥防裂，北方冬天需存室内防冻。玻璃罐适合短期食用，瓦缸透气性虽好但装量少，家庭用不划算。数据来源《中国发酵食品年鉴》大前年版和《传统酿造工艺调查报告》。