清江鱼主要分布在重庆段的江团、铜鱼、中华鲟这些种类，集中在江水较缓的中下游河段和支流里。这些鱼喜欢干净的水和石头缝隙，繁殖时需要水温稳定的季节。清江流域有保护措施，所以鱼群数量不算少。

因为江团需要缓流环境 中下游水流平缓 所以适合它们产卵。2020年重庆水产局调查数据显示，江团在中游段密度最高每公里2.3条，下游段因为施工减少到0.8条。铜鱼主要在支流活动，比如龙河支流有记录到每平方公里5.6条。中华鲟虽然保护严格，但每年仍有20-30尾幼鱼在清江出现。不过现在有些河段因为发电站建设，水流变急导致鱼群减少。比如白帝城附近段江团数量从2015年的15.7条/公里降到大前年的8.2条/公里。所以现在清江鱼主要在中下游和支流的水质好的地方才能看到。