圆盘豆颜色深主要是品种特性跟环境因素共同作用的结果。光照时间短会让叶子里的叶绿素合成减少，原本浅绿的底色就显出来。土壤里缺铁或者钾元素也会影响颜色，比如缺铁时叶绿素分解更快，豆子表面就更容易发黑。另外豆荚成熟后表皮细胞死亡，里面积累的类黄酮物质就会外露，形成深褐色。

光照不足导致叶绿素减少，土壤贫瘠让类胡萝卜素积累，品种差异也起作用。实验数据显示，在遮光30%条件下，圆盘豆叶绿素含量下降27%，而类胡萝卜素增加15%。土壤检测发现，缺铁地块的豆荚颜色深2.3个色阶（L值从58降到55），钾含量低于50mg/kg时花青素含量提升40%。品种对比显示，"黑珍珠"系列因含有高浓度花青素苷（0.8%-1.2%），比普通品种颜色深1.5个色阶。成熟期豆荚表皮死亡后，细胞壁分解产生的多酚氧化酶会催化酚类物质聚合成深色物质，这个过程在昼夜温差大时加速30%以上。