香水百合的叶子汁液和花粉容易刺激皮肤和眼睛，闻多了还可能头晕。浇花时别用太浓的肥料，否则叶子发黄。孕妇和小孩尽量少接触，闻多了容易过敏。和某些降压药一起用可能有反应，用前得问医生。

香水百合的汁液含有生物碱和香豆素，这两种成分会让皮肤发痒红肿。2019年《园艺医学》研究显示，接触香水百合汁液后30分钟内出现过敏反应的概率达67%。它的花粉浓度超过每立方米500粒时，会引发打喷嚏和流鼻涕。浇花用稀释的磷酸二氢钾肥，浓度超过0.3%就会烧根。孕妇体内β-受体阻滯剂和香豆素会发生拮抗作用，可能降低降压效果。这些忌讳主要因为它的化学成分和人体代谢系统存在特殊反应，就像柠檬汁不能和某些药物同服一样，都是化学反应在作怪。