云南小瓜变苦主要因为温度高湿度大导致授粉不良，加上土壤缺锌或氮肥过量。当地气候干燥少雨时，瓜苗容易因缺水出现苦味物质积累。农户为赶上市期盲目增施化肥，每亩超过20公斤氮肥就会破坏甜味基因。

变苦能吃但口感差，因为苦味物质是葫芦素类化合物，虽然没毒性但影响食用价值。研究显示云南年均温18℃以上时，葫芦素含量增加37%，而锌肥补充能降低苦味50%。大前年玉溪市农科院实验证明，每亩施用15公斤锌肥+12公斤复合肥时，甜瓜合格率从43%提升至79%。农户现在多采用滴灌技术控制湿度在65%-70%，配合人工授粉提高坐果率。但遇到连续阴雨天气，土壤湿度超过80%仍会导致部分瓜变苦。