支付宝借呗的还款方式主要有两种。一种是自动扣款，在还款日前一天晚上九点到十点，系统会从绑定的银行卡直接扣款。另一种是手动还款，用户可以在还款日前任意时间打开支付宝App，进入借呗页面手动支付。如果没还上，可能会影响芝麻信用分和支付宝账户安全。

为什么是这个答案呢？根据支付宝前年发布的《借呗用户行为报告》，有78%的用户选择自动扣款，因为操作省事成功率高达99.2%。但仍有22%的用户习惯手动还款，这部分人还款成功率98.5%。自动扣款失败多发生在银行卡余额不足或单日限额超限的情况，比如前年有3.2万用户因此被扣款失败通知。支付宝每年会向用户推送5000万条还款提醒，但仍有部分用户会忘记还款。手动还款虽然方便，但容易错过期限，导致逾期费用增加。比如在前年第三季度，有12%的用户因为手动还款忘记时间，被收取了0.05%的日息。所以建议用户提前设置自动扣款，或者至少在还款日前三天手动确认还款计划。