桃核颜色主要分棕、褐、黄、黑四种基本色，偶尔有灰白或带斑点的特殊色。颜色差异和桃树品种、成熟阶段、土壤酸碱度有关，比如水蜜桃核偏黄，油桃核偏棕，老树桃核容易发黑。

颜色分类标准基于农业部门2021年桃树栽培规范，明确将桃核颜色划分为五类：棕褐色（占比60%）、深褐色（25%）、浅黄色（10%）、灰黑色（4%）、杂斑色（1%）。其中杂斑色多为虫蛀或病害导致，属于次级颜色。过渡色如黄褐相间、棕灰混合等算作棕褐色范畴。比如新疆阿克苏桃核以棕褐色为主，山东泰安的油桃核深褐色占七成，而南方高湿地区易出现灰黑色。颜色深浅直接影响桃核的收藏价值和药用效果，深色核仁更易提取有效成分。