比目鱼一般游在海底十到两百米的水里，主要在太平洋大西洋这些大海上。它们喜欢靠近岸边或者岛子附近，水温不能太冷，海里要有沙子或石头当窝。像石斑鱼这种常见的比目鱼，多数时间都躲在五十米以内的浅海区，晚上才敢出来活动。有些深海比目鱼能潜到两百米，但得有足够的岩石供它们躲藏。

比目鱼喜欢在海底活动，因为这样能躲避天敌。根据《世界鱼类图鉴》，它们最常在十到五十米处，像石斑鱼就在这里。有些种类比如六带石斑鱼能到两百米，但水温要超过二十度。分布海域主要在太平洋和大西洋，靠近大陆架的地方，因为这里沙子多，适合它们挖洞。比如日本海和墨西哥湾就有很多。大陆架水深一般不超过两百米，所以比目鱼大部分时间都待在那里。晚上它们会游到离岸三到五公里的浅水区觅食，这时候更容易被渔民发现。不过要注意，不同海域的比目鱼深度有差异，像地中海的比目鱼就比北大西洋的浅二十米左右。