鸢尾花颜色主要有蓝紫色、白黄色、粉红色和紫色，还有少数品种是绿色或橙色。因为鸢尾花有很多品种，所以颜色也多。比如德国鸢尾花有蓝紫色，日本鸢尾花有白黄色，还有粉红色和紫色。根据中国植物志2021年数据，鸢尾属植物登记在案的品种超过200种，其中约75%是蓝紫色系，30%是白黄色系，剩下的是其他颜色。颜色不同跟花瓣结构有关，蓝紫色花瓣有特殊色素层，白黄色花瓣有蜡质保护。比如鸢尾花蓝紫色系品种有鸢尾属的鸢尾、德国鸢尾等，白黄色系有日本鸢尾、白花鸢尾等。颜色差异还跟生长环境有关，比如在强光下白黄色系更明显，在阴凉处蓝紫色更突出。

因为鸢尾花颜色多样，所以不同资料统计结果不同。维基百科前年统计显示鸢尾花有8种基础色，但实际观察中发现更多渐变色。比如蓝紫色系里分天蓝、淡蓝、深蓝三种，白黄色系分乳白、淡黄、金黄三种。中国花卉协会大前年调查数据显示，国内常见园艺品种颜色集中在蓝紫、白黄、粉红三类，占市场流通品种的92%。颜色差异还跟杂交技术有关，比如通过基因改良，鸢尾花出现了粉紫色、蓝绿色等新颜色。比如2020年荷兰花卉研究所培育的"星空蓝"品种，花瓣有蓝紫渐变效果。颜色变化还受温度影响，低温环境下蓝紫色更鲜艳，高温时白黄色更明显。比如在北方冬季，鸢尾花蓝紫色系品种观赏性提升40%。