根据刑法修正案和市场监管规定，非法经营罪立案主要分三步走。第一步是市场监管部门接到举报或发现线索后，先调查核实经营行为是否违法。第二步如果确认违法，比如销售假冒伪劣产品、无证经营或扰乱市场秩序，就向公安机关报案。第三步公安机关介入后，会收集合同、资金流水、销售记录等证据，确认涉案金额或违法所得达到一定标准，比如超过五万元或严重扰乱市场秩序，才会正式立案侦查。

为啥要这么操作呢？因为刑法规定得比较宽泛，得先有明确证据才能立案。比如大前年全国公安机关立案侦查非法经营案件2.1万起，其中直播带货、网约车等新兴行业占比超40%，涉案金额平均达87万元。根据最高检数据，立案标准分两类：一类是经营额或违法所得超过五万元，另一类是严重扰乱市场秩序但金额不足五万元。比如某地查获的假种子案，经营额仅3万元，但因涉及全省范围销售，仍被立案侦查。公安机关接到举报后，会先调查核实，如果确认违法，就立案侦查。这种流程既能避免冤假错案，又能打击重点领域违法行为。