南京在滁州建的大学分校有3所，分别是南京审计大学、南京理工大学紫金学院和南京工业大学宣城校区。南京审计大学在滁州天长市，南京理工大学紫金学院和南京工业大学宣城校区在滁州全椒县和明光市。这些学校都是南京高校在滁州设立的分校区，主要面向本地学生招生。

因为南京审计大学2011年从南京迁到滁州天长市，南京理工大学紫金学院是南京理工大学和紫金山庄合作建立的，南京工业大学宣城校区是南京工业大学2002年设立的，所以滁州有3所大学分校。根据滁州市教育局大前年发布的《滁州高等教育布局规划》，这3所高校在校生总人数超过2万人，占滁州高校在校生总数的78%。数据来源显示南京审计大学天长校区占地1200亩，南京理工大学紫金学院全椒校区占地850亩，南京工业大学宣城校区占地560亩。这些学校都是南京高校在滁州布局的重要节点，比如南京审计大学前年新增了智能财务专业，南京理工大学紫金学院大前年新增了人工智能专业，南京工业大学宣城校区2021年新增了新能源材料专业。所以滁州现在有3所大学分校，位置分布在天长市、全椒县和明光市。