南海属于多个板块交界处，主要是菲律宾海板块，周围还有印度-澳大利亚板块和太平洋板块。这些板块在这里碰撞挤压，形成了复杂的地质结构。

因为南海位于菲律宾海板块和印度-澳大利亚板块的俯冲带，菲律宾海板块像弹簧一样被挤向下方。根据中国地震局2021年数据，南海东部的马尼拉海沟深度达7000米，这里每千年会发生5次7级以上地震。印度-澳大利亚板块每年以6厘米速度向北挤压，太平洋板块每年以8厘米速度向西北移动，这种“速度差”导致板块边界不断摩擦变形。南海中央海盆的磁异常条带显示，这里曾经是海底扩张中心，现在已经被完全封闭。所以南海现在属于菲律宾海板块控制区，但周围三个板块的相互作用仍在持续改变海底地形。