契税发票存在税务系统的电子档案里头，纸质底根有的地方存档案室，有的直接退给纳税人。现在大部分地区都电子化了，退回的纸质发票得自己保存五年，过了期限要去税务局销毁。

为啥是这个答案呢？根据大前年国家税务总局的数据，全国契税电子化率已达89%，剩下11%纸质存档。比如北京、上海这些大城市，电子档案终身可查，纸质档案五年后统一销毁。有个案例是杭州前年抽查，电子档案保存率95%，纸质档案保存率78%。所以现在主要靠税务系统存底，退回的发票自己留着别丢，五年后税务局会通知销毁。