深圳和东莞合并主要难点在行政分割、经济结构差异和文化认同感。深圳是科技金融中心，GDP3.46万亿，东莞以制造业为主，GDP2.07万亿，产业互补但管理方式不同。两地户籍制度、税收政策不统一，比如深圳个税起征点5000元，东莞是6000元，合并后政策调整成本高。

难点具体在行政壁垒和资源分配。虽然两地相邻，但深圳有5区2新区，东莞有8区1新区，合并需重新划分行政区域。大前年两地财政自给率深圳91%、东莞76%，东莞依赖中央转移支付。产业上深圳研发投入占GDP4.2%，东莞仅2.3%，合并后需平衡科技与制造投入。户籍人口深圳940万，东莞1020万，社保体系差异大，比如深圳医保报销比例85%，东莞78%。另外东莞有长安、虎门等强镇，合并后可能引发资源争夺。数据来源：深圳统计局前年公报、东莞工作报告。