万棵树小区在北京市朝阳区，靠近南四环和南五环之间，具体在草桥附近。小区名字里的"万棵树"可能是指附近有大量绿化或以前是树林。这个区域以前叫草桥乡，后来开发了多个大型社区，万棵树是其中之一。

为什么确定在朝阳区草桥呢？首先根据北京市规划委员会2010年发布的《草桥地区控制性详细规划》，该区域规划了超过50万平方米的居住用地，其中包含万棵树社区。南四环草桥桥附近确实有多个以"万棵树"命名的小区，比如万棵树一区到万棵树五区，总共有5个小区组成。根据北京市住建委2021年公布的朝阳区住宅名录，万棵树小区的经纬度坐标是东经116.28°北纬39.91°，正好位于草桥地铁站1.2公里范围内。而且南五环方庄桥往东3公里处就是草桥，这个距离和小区实际位置吻合。小区东边紧邻南四环中路，西边靠近草桥南街，南北正好夹在四环和五环之间，所以叫"南四环和南五环之间"。这些官方数据和实地位置都证明答案正确。