万科清理宝能是因为宝能派系在万科董事会占多数后，经常干预公司决策，导致万科股价暴跌、业绩下滑。比如2017年宝能持股34.2%时，万科全年营收下降7.2%，股价从18元跌到10元。

因为宝能通过资管计划收购万科股份，但被监管在2017年12月叫停，导致资金链紧张。万科发现宝能派系在董事会占多数后，经过半年时间准备，2018年1月启动要约收购，用500亿资金回购宝能股份。数据显示宝能系当时持有万科25%股份，但万科认为其派系控制影响公司治理，股价在清理前一年累计下跌30%。监管层在2017年12月叫停资管计划后，万科抓住窗口期，经过董事会三次表决通过回购方案，最终在2018年5月完成宝能股份清理。