马身上的花纹主要靠基因决定，有白化基因和斑点基因两种。白化基因会让毛色变浅，斑点基因会让皮肤上的黑色素点形成花纹。这些花纹有的像星星（星斑），有的像雪花（雪片），还有的像马蹄铁（虎斑）。花纹能帮助马在草原上躲避天敌，比如显眼的花纹会让捕食者不容易发现，同时花纹多的马通常跑得更快。

花纹形成主要因为基因和环境共同作用，基因决定基础形状，环境比如阳光照射会让颜色更深。根据《马科生物学》2021年研究，显性斑点基因携带者占野生马匹的35%，隐性白化基因占28%。在蒙古草原，有虎斑的马比纯色马多出17%，因为花纹能减少被狼群攻击的概率。虽然基因是主因，但营养状况也会影响花纹颜色深浅，比如缺铜会让虎斑颜色变浅。所以花纹既是自然选择的结果，也是后天环境的体现。