大蛇丸复活是因为佐助的封印术失控和细胞移植实验。佐助用封印术想阻止大蛇丸，结果自己失控导致封印术反弹。大蛇丸的实验保存了部分身体，加上尾兽查克拉帮助他复活。

因为佐助的封印术虽然成功，但大蛇丸的细胞移植实验导致他复活。根据剧情发展，大蛇丸在木叶村被佐助封印后，他的实验体"白"和"咒印"保存了部分身体。佐助失控时封印术反弹，大蛇丸趁机用移植的细胞和查克拉复活。漫画第500话明确提到他复活后成为晓组织成员，动画第250集也有相关表现。虽然佐助的封印本意是阻止他，但大蛇丸的实验提前布局，加上尾兽力量，最终导致他复活。所以他在后期剧情中再次出现，并继续推动主线发展。