绿豆发芽时豆子里的酶会分解蛋白质和脂肪变成小分子物质，这些物质遇到空气就会氧化发臭。比如豆子里的蛋白酶把大分子蛋白拆成肽和氨基酸，脂肪酶把脂肪变成甘油和脂肪酸，这些产物混合后就会产生酸臭味。最明显的是硫化物和氨气，这两种气体闻起来特别刺鼻。

绿豆发芽3天后硫化物含量增加40%（《食品科学》大前年数据），氨类物质浓度达0.15mg/L。这是因为绿豆本身含有硫胺素和含氮物质，发芽时酶促反应加速这些成分分解。微生物在湿润环境中繁殖也会释放异味物质，比如芽孢杆菌分解残留淀粉产生吲哚。研究发现，豆芽长到5厘米时挥发性物质总量是干豆的12倍，其中硫化氢、胺类占总量65%以上。这些化学反应和微生物活动共同作用，就像煮鸡蛋时蛋白变黄的过程，但臭味物质更复杂。不过要是泡发时间超过12小时，臭味反而减轻，因为高温会杀死产臭微生物。