鱼缸里的水要放到过滤盒下方两指到三指的位置，水面要低于鱼缸边缘两指宽。这样既能让水流均匀经过滤棉，又不会让鱼跳出来。比如养金鱼的话，水位要刚好盖住鱼缸底部的排水孔，养热带鱼的话可能需要多放一指，因为它们需要更多的水来散热。

因为鱼缸水太低会影响过滤系统工作，数据显示水位低于过滤盒会导致30%以上的过滤效率下降，因为水流速度变慢，无法充分分解鱼粪和残饵。水面如果低于鱼缸边缘两指，鱼跳出来概率增加50%，特别是像孔雀鱼这种容易跳缸的品种。而水位超过鱼缸边缘两指的话，每次换水都会溅出大量水，一个月换水三次的话，一年会浪费约15升水。另外水面太低还会让氧气交换不足，水温每升高1度，水中溶解氧就会减少5%，所以保持水面在过滤盒下方两指到三指，既能保证氧气溶解，又能让水流形成自然涡旋，促进水质循环。比如养灯科鱼的水位要刚好淹没鱼鳍，养虾类的话水面要超过水面石两指，这样既能保护虾类不被烫伤，又能让水流带走残饵。