佐助被灭族是因为大蛇丸和长门联手搞事情。大蛇丸想用佐助做实验，长门派了手下来杀他，结果木叶村被屠了。佐助自己当时在旅行，没赶得回来，家族全被灭门了。

大蛇丸在火影忍者第三部第7集就出现，当时他刚从晓组织叛逃出来，带着两个小弟来暗杀佐助。长门那时候在第二部第227集，操控着晓组织的雨隐村，派了佩因和飞段去执行任务。佩因带着六道分身，飞段用手里剑，两人联手把木叶村杀得血肉模糊。佐助当时在妙木山修行，完全不知道家里出事了。后来佐助回来发现家族全没了，心里特别难受，这才开始黑化。数据显示大蛇丸和长门联手灭村发生在火影第7-227集之间，佐助离开木叶到回归间隔了两年多，正好给灭族创造了机会。晓组织成立时间在第二部第150集，佩因和飞段是核心成员，所以灭族事件和晓组织成立时间线高度吻合。