蝶形楼因为形状特殊，地基受力不均，容易导致沉降。沉降问题多，维修费用高，据统计，维修成本比普通楼高30%。通风采光差，中间区域常年阴暗潮湿，住着不舒服。抗震能力弱，遇到强震容易倒塌，曾有案例造成人员伤亡。

因为形状特殊，蝶形楼底部面积小，地基像船底一样吃水深，受力点集中在边缘，中间区域长期悬空。据统计，2018年某蝶形楼因地基不均沉降导致墙体开裂，维修花了1200万，是普通住宅的3倍。中间区域因为楼板倾斜，层高不足2.5米，冬天暖气片效率低，室温比外围低5℃以上。抗震检测报告显示，蝶形楼在8级地震中的位移量是普通楼的1.8倍，日本建筑学会建议这类楼不能超过6层。这些缺点让蝶形楼成了"建得快、修得慢、住着难"的典型。