房产证两本合一本一般不用交税，但要看具体情况。如果是同一人名下多本证合并，属于正常登记调整，不用交契税和增值税。如果是不同人名下合并，可能需要先过户再合并，这时候要交契税和增值税，按当地税率算。比如深圳合并不同人名下房产证，契税1.5%，增值税1.5%，总交3%左右。

具体税费要看合并原因和地区政策。如果是同一人名下多本证，比如父母各一本，合并时只需去不动产中心提交材料，交工本费80元/本。如果是不同人名下，比如夫妻离婚后各自一本，合并前需先办理过户手续，契税按1%-3%交，增值税满两年免征。北京、上海等地合并不同人名下房产证，总税费约3%-5%。合并后新证会合并所有房产信息，方便未来交易。注意不同城市执行标准不同，提前咨询当地不动产登记中心最准。