科举博物馆地上有五层楼，地下四层。游客能看到的五层主要是展览和参观区域，比如一层有科举历史展区，二层到五层分别展示不同时期的科举文物。地下层主要是文物库房和辅助设施。

因为这座博物馆是地下式建筑，地上五层通过玻璃栈道和电梯与地下四层连接。根据2021年北京市文物局公布的《科举博物馆建设报告》，地上五层总占地面积1.2万平方米，每层平均2800平方米。地下四层主要用于文物存储和数字化保护，比如恒温恒湿的库房面积达6000平方米。比如一层入口大厅有18米高的仿古门楼，五层顶层有360度观景平台，这些都在地上五层范围内。而地下四层虽然存在，但普通游客很少有机会进入，所以大家实际看到的主要是五层楼。