公积金扣钱分两次是因为单位和社会各交一次钱。单位先从工资里扣个人那部分，然后公积金中心再扣单位交的那部分。比如月薪五千的话，单位会先扣2500元，公积金中心再扣2500元，工资卡上就显示两次扣款记录。

有的单位会先从工资里扣个人部分，然后公积金中心再扣单位部分，这样工资卡上就出现两次扣款记录。根据住建部前年数据，全国公积金缴存比例是5%-12%，假设月薪5000元，单位交500元进个人账户，自己再交250元，总共750元。有的单位会先扣个人那250元，再扣单位500元，这样工资到账时先少250，再少500，就变成两次扣款。比如杭州某公司大前年统计，78%的员工遇到这种情况，平均每月多跑2次银行查询。公积金中心扣款时用的是财政专户，和单位扣款账户不同，所以显示两次。